Uno de los grandes problemas del hidrógeno es su difícil transporte. Las pilas de hidrógeno se recargan rápidamente y disponen de una gran autonomía, pero entre sus desventajas está la falta de infraestructura. Todavía más difícil de implantar que la eléctrica debido al elevado coste del coche de hidrógeno, tanto en la fabricación del vehículo como en el precio del hidrógeno, que se sitúa entre los 9,5 y 10 euros por cada 100 kilómetros de autonomía.
Los coches de hidrógeno con pilas de combustible como el Toyota Mirai o el Hyundai Nexo generan su electricidad por combinación química y entre los productos de la reacción se obtiene agua por combinación del hidrógeno y el oxígeno. Lo que permite impulsar el motor eléctrico. Lo que ocurre, es que llevar el hidrógeno hasta la estación de recarga es tremendamente costoso, potencialmente peligroso y poco eficiente. Pero esto podría cambiar en el futuro.