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Hay veces, que toca reparar un sistema de archivos Linux, lo suyo, es que cogieras un DVD de recuperación, un pendrive USB y a copiar.... O bien montaras por SAMBA en algún servidor y copiaras allí, todo lo que tuvieras que copiar, y luego procederías a hacer...
1º.- Compruebas las particiones... bien escribes cat /etc/fstab y ves las particiones y discos que usa el sistema...
[javier@portatil-asus ~]$ cat /etc/fstab
#
# /etc/fstab
# Created by anaconda on Fri Nov 2 20:54:11 2012
#
# Accessible filesystems, by reference, are maintained under '/dev/disk'
# See man pages fstab(5), findfs(8), mount(8) and/or blkid(8) for more info
#
UUID=c56a897e-e5a7-4a13-9b62-40b6994b4faf / ext4 defaults 1 1
UUID=ef0a8283-74ed-4908-9494-4a11aff355f8 /boot ext4 defaults 1 2
UUID=0dd9013c-6493-4d78-b3cc-82b207341df6 /home ext4 defaults 1 2
UUID=c76051f5-a1b3-40df-96ad-7a1b100f22f8 swap swap defaults 0 0
[javier@portatil-asus ~]$
También (como root) puedes listar las particiones de un disco usando fdisk -l /dev/nombre_del_disco...
[root@portatil-asus ~]# fdisk -l /dev/sda
Disk /dev/sda: 750.2 GB, 750156374016 bytes
255 heads, 63 sectors/track, 91201 cylinders, 1465149168 sectores en total
Units = sectors of 1 * 512 = 512 bytes
Sector size (logical/physical): 512 bytes / 4096 bytes
I/O size (minimum/optimal): 4096 bytes / 4096 bytes
Identificador del disco: 0xe3102a4b
Disposit. Inicio Comienzo Fin Bloques Id Sistema
/dev/sda1 2048 52430847 26214400 1c Hidden W95 FAT32 (LBA)
/dev/sda2 * 52430848 700848127 324208640 7 HPFS/NTFS/exFAT
/dev/sda3 700848128 701872127 512000 83 Linux
/dev/sda4 701872128 1465149167 381638520 5 Extendida
/dev/sda5 701874176 806731775 52428800 83 Linux
/dev/sda6 806733824 816990207 5128192 82 Linux swap / Solaris
/dev/sda7 816992256 1465147391 324077568 83 Linux
[root@portatil-asus ~]#
O bien... Escribes df -h y te haces mejor idea... (que yo prefiero)
[javier@portatil-asus ~]$ df -h
S.ficheros Tamaño Usados Disp Uso% Montado en
rootfs 50G 27G 21G 57% /
devtmpfs 2,0G 0 2,0G 0% /dev
tmpfs 2,0G 3,6M 2,0G 1% /dev/shm
tmpfs 2,0G 1,3M 2,0G 1% /run
/dev/sda5 50G 27G 21G 57% /
tmpfs 2,0G 0 2,0G 0% /sys/fs/cgroup
tmpfs 2,0G 0 2,0G 0% /media
/dev/sda7 305G 39G 251G 14% /home
/dev/sda3 485M 90M 370M 20% /boot
[javier@portatil-asus ~]$
Pongamos, que la partición a reparar es /dev/sda5 (es decir, la jodia, donde está /usr, /boot, las bibliotecas del sistema... /lib, etc...)
2º.- Pues escribes fsck -p /dev/sda5
(Y si no tienes graves problemas de Hardware, errores que no se puedan solucionar por software, te quedará el sistema, perfecto)
Hay opciones adicionales, que tal vez deberías conocer... escribe fsck --help
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