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Para convertir entre formatos de vídeo (no sólo flv a mp4, si no también 3gp, avi, oma, dcf,etc) vamos a utilizar un paquete que ya se encuentra en los repositorios de la mayoría de las distribuciones que es el paquete gpac con la utilidad MP4Box

Es ampliamente utilizado: Por académicos, la comunidad de vídeo y es notablemente utilizado en los servicios de Google para la preparación de archivos multimedia y para su reproducción en el iPod y PlayStation.

MP4Box puede utilizarse para volver a empaquetar contenido existente compatible con archivos media de ISO (MP4, 3GP, 3G2, OMA DCF). Tenga en cuenta sin embargo que MP4Box no codificará el contenido de las imagenes, audio y vídeo, deberá usar herramientas externas para este propósito.

 En Resumen MP4Box sirve para

• Para la codificación/decodificación de lenguajes de presentación, como
  MPEG-4 o XMT W3C SVG en/desde los formatos binarios, como MPEG-4 BIFS o LASeR,
• Para manipular archivos ISO como MP4, 3GP: añadir, eliminar,
  multiplexación de audio, video y presentación de los datos (incluidos
  los subtítulos) de diferentes fuentes y en diferentes formatos,
• Para realizar el cifrado de los flujos de datos
• Para conectar los metadatos a los streams individuales o al conjunto
  para producir un único archivo ISO MPEG-21 compatible o híbrido
  MPEG-4/MPEG-21 archivos
• Para el envasado y el etiquetado de los resultados para el streaming,
  descarga y reproducción en dispositivos diferentes (por ejemplo:
  teléfonos, PDA) o para diferentes programas informáticos (por ejemplo,
  iTunes).

• Transformar un fichero DivX a un MP4:

  MP4Box -add file.avi new_file.mp4

• Añadir un segundo track audio al fichero previo:

MP4Box -add audio2.mp3 new_file.mp4

• MP4Box pueden importar sólo piezas o medios específicos desde un
  contenedor existente. Para obtener los medios de comunicación compatibles
  que se pueden importar desde un contenedor:

MP4Box -info file.avi

MP4Box -info file.mpg

MP4Box -info file.ts

• Añadir a single media desde un contenedor:

MP4Box -add file.mpg#audio new_file.mp4



Esta es una herramienta que podrás encontrar en tus repositorios, por lo que bastará escribir

apt-get install gpac

yum -y install gpac

Según sea tu distribución